Antes del sacrificio, los tejidos comestibles de un animal sano se pueden considerar estériles. Se encuentran protegidos de la contaminación por la piel que funciona como una cubierta casi perfecta. Además el tracto intestinal sirve como barrera efectiva a la inmensa masa de microorganismos que contiene.
Normalmente, cualquier microorganismo que penetrase estas barreras sería destruido rápidamente por las defensas naturales del organismo. Tras el sacrificio, sin embargo, estro mecanismos quedan bloqueados, y los tejidos expuestos se hacen altamente perecederos.
Los tejidos animales quedan expuestos entonces a gran numero de microorganismos como los de la piel o el tracto intestinal. La superficie externa de la piel o el cuero esta intensamente contaminada por una amplia variedad de microorganismos. La incisión de la piel proporciona la primera vía de entrada para los contaminantes. Además, es posible que alguno de los microorganismo del tracto intestinal encuentren su camino hacia la superficie de la canal durante las operaciones de formado. Ocurre alguna contaminación durante la operación de degüello, y es posible que algunos de estos microorganismos puedan llegar a los tejidos musculares por el torrente circulatorio inmediatamente antes de la muerte.
Tras el sacrificio las canales son enfriadas y después entran en los canales de distribución alimentarios. El despiezado y el recorte permiten a un gran numero de microorganismos contaminar las superficies. El destino de estos microorganismos depende del uso ultimo de la carne. La carne fresca y refrigerada tiene un alto contenido de agua con un valor de aw aproximadamente 0,99. este ambiente es muy adecuado para el crecimiento de m.o. si se dejan sin envoltura protectora al oxigeno se favorecerá el crecimiento de m.o. contaminantes.
La refrigeración crea un medio selectivo y permite el crecimiento solo de aquellos m.o. capaces de desarrollarse a temperaturas cercanas a la dela congelación. El envasado al vació de la carne con membrana impermeable al oxigeno se constituye en una segunda limitación sobre el medio ambiente y permite el crecimiento de un menor numero de m.o. e. Curado, el ahumado , el cocinado, el escabechado y la fermentación son otros procedimientos que influyen el la naturaleza de la microflora alterante final.
