La estructura tiene la forma de un viaje interrumpido por escaramuzas y batallas desde la frontera sureste de Castilla, cerca de Berlanga del Duero, siguiendo las riberas de los ríos Duero, Henares, Jalón, Jiloca y Júcar hasta el Levante, y consiste en dos tramas anudadas: la primera trata del deshonor moral y político del Cid ocasionado por un destierro injusto decretado por la ira regia, y de su rehabilitación gradual gracias a sus propios esfuerzos como señor de la guerra en tierra de moros; la segunda trama se introduce antes de haber terminado con la conquista de Valencia la primera, en el punto en que los infantes de Carrión deciden que les sería ventajoso casarse con las hijas del Cid, y su nudo es la afrenta de Corpes con el consiguiente descrédito personal y familiar para el héroe, un deshonor en el que participa Alfonso VI por haber concertado los desposorios y cuya resolución tendrá que promover convocando cortes en Toledo y combates judiciales en Carrión. Las dos se hallan perfectamente soldadas. Ya poco después de comenzado el poema Rodrigo anuncia su intención de casar bien a sus hijas al despedirse de su esposa en el monasterio de Cardeña, y al final se remata el tema de la obra al concertarse los nuevos matrimonios con los príncipes de Navarra y Aragón.
