Según Mendel las características que deben reunir las plantas experimentales son:
Poseer caracteres diferenciales constantes.
Los híbridos entre variedades deben protegerse de la influencia de polen extraño durante la floración (embolsando las flores).
Experimento control: las 34 variedades que empleó las sometió a prueba durante dos años (dos generaciones sucesivas por autofecundación) para comprobar que todas producían descendencia constante. Es decir, si las características de una variedad eran que todas las plantas producían semillas redondas y amarillas, comprobaba durante dos generaciones sucesivas de autofecundación que todas las semillas de la variedad eran redondas y lisas. Solamente una variedad de las 34 no produjo descendencia constante, por lo que no la empleó en sus estudios. Las variedades utilizadas por Mendel eran Líneas Puras constituidas por individuos idénticos para los caracteres analizados.
Mendel realizaba siempre el mismo esquema de cruzamientos: cruzaba dos variedades o líneas puras que diferían en uno o varios caracteres, obtenía la 1ª generación filial (F1), seguidamente autofecundaba (Ä) los híbridos de la 1ª generación filial (F1) y obtenía la 2ª generación filial (F2) y, por último, autofecundaba (Ä) las plantas de la 2ª generación filial (F2) y conseguía la 3ª generación filial (F3). El cruzamiento inicial lo llevaba a cabo en las dos direcciones posibles, es decir, en un caso utilizaba como donador de polen al ♂P2 y en otro al ♂P1, realizó cruzamientos recíprocos: ♀P1 x ♂P2 y ♀P2 x ♂P1.
♀P1 x ♂P2 → F1 Ä→ F2 Ä→ F3
♀P2 x ♂P1 → F1 Ä→ F2 Ä→ F3
P1 = Parental 1; P2 = Parental 2
F1 = 1ª generación filial; F2 = 2ª generación filial y F3 = 3ª generación filial.
Además, llevó a cabo Retrocruzamientos, es decir, cruzamientos de los híbridos de la 1ª generación filial (F1) por los dos parentales utilizados, en las dos direcciones posibles:
♀F1 x ♂P2 y ♀P2 x ♂F1 (cruzamientos recíprocos)
♀F1 x ♂P1 y ♀P1 x ♂F1 (cruzamientos recíprocos)
