Lo que hoy es San Francisco de Milagro, más conocido como el cantón Milagro (provincia del Guayas), fue habitado por numerosas poblaciones aborígenes pertenecientes a la cultura Cayapa - Colorado, que ocupaban las jurisdicciones de lo que constituyen las actuales provincias de Los Ríos y Guayas. En esta zona, la cultura estaba integrada por parcialidades pertenecientes a los belines, chobos, chilintomos, yaguaches y boliches.
La leyenda sobre el nombre de Milagro -según el arqueólogo Julio Viteri Gamboa- se remonta a un curioso acontecimiento ocurrido en 1786.
Se dice que por ese año llegó a la zona del tambo Chirijo don Miguel de Salcedo, exoidor de la Real Audiencia de Quito, junto con su esposa María de Salcedo.
Durante la estancia, la cónyuge del exfuncionario real sufrió las consecuencias del ambiente y el clima; y a los pocos días de permanecer en esa localidad se enfermó de paludismo, conocida para entonces como la terrible fiebre terciaria.
María de Salcedo no mejoraba de las malignas fiebres, que la hacían delirar, a pesar de los tratamientos médicos y de las medicinas recetadas que le compraba su esposo.
Fue entonces que, viéndola cada vez más desmejorada, don Miguel inició una novena en honor a San Francisco de Asís, al tiempo que empezó un tratamiento a base de raíces de zaragoza y quina, que le entregó un indio de la parcialidad de los chirijos -vecino del español-, quien le aseguró que tenían virtudes de curación.
El nativo le indicó que le diera a la “niña” una poción. Temeroso, don Miguel cumplió la orden del brujo, al tiempo que continuó con la novena en honor a San Francisco.
Transcurrieron los días y doña María mejoró poco a poco. Cuando la vieron en el portal de la casa todos se alegraron. Se había recuperado y el esposo saltaba de felicidad.
Dice la leyenda que don Miguel no atribuyó la sanación a la bondad de las raíces dadas por el indio chirijo sino a la novena ofrecida a San Francisco.
Por tal motivo y en agradecimiento al milagro concedido, solicitó al Gobernador de la provincia de Guayaquil, que en ese lugar -donde ocurrió el beneficio- se fundara una villa que llevara el nombre de San Francisco del Milagro, incluso pidió que primero la llamaron la “Casa del Milagro”, pedido que no tuvo respuesta en el Goberdador, pero que desde entonces -de boca en boca- empezó a llevar esa denominación.
El español se sentía en deuda con San Francisco de Asís e insistió en que al recinto formado por su casa y las de sus peones y vecinos se le pusiera por nombre San Francisco de Milagro, en mérito a la curación.
Y así, en poco tiempo, la población logró un gran desarrollo, sobre todo en la colonia y los primeros años de la República. Fue el 8 de noviembre de 1820, según lo registra la historia -y que dejó de ser leyenda-, que se dio la creación y San Francisco de Milagro pasó a ser recinto de la provincia de Guayaquil; 21 años después (24 de octubre de 1841), por su crecimiento demográfico, los habitantes reunidos en asamblea popular solicitaron su parroquialización.
Don Vicente Rocafuerte, gobernador de la ya provincia del Guayas, intervino ante el Gobierno del general Juan José Flores y consiguió que el 15 de octubre de 1842 fuera resuelto favorablemente por el gobierno central el petitorio de los ciudadanos de Milagro.
Es menester aclarar que el 17 de octubre de 1842 se ubicó jurídica y políticamente al recinto dentro de la categoría de parroquia del cantón Guayaquil. Y en 1874 Milagro contó ya con el primer servicio de ferrocarril del país.
Para 1883 la población había crecido notablemente gracias al establecimiento del Ingenio Valdez y ya se había convertido en una de las poblaciones más prósperas, ricas y productivas de la región.
El 21 de julio de ese año, al crearse el cantón Yaguachi, la Convención Nacional la designó como su parroquia rural.
Milagro fue elevado a cantón el 17 de septiembre de 1913 en la presidencia del general Leonidas Plaza Gutiérrez.
