El general Juan Antonio Pezet, presidente del Perú en 1864, entró en negociaciones con los españoles. Los periódicos de la época escribían de él: "parece un moderno Atahualpa", criticando su debilidad. Lo cierto es que el 24 de noviembre la Junta de Guerra peruana determinó la imposibilidad de vencer a la Escuadra con las fuerzas de que disponían (la fragata Amazonas y las goletas Tumbes y Loa).
El 6 de diciembre el general José Manuel Pareja llegó desde España para sustituir al almirante Pinzón y el 30 se realizó la primera conferencia entre los generales Pareja y Vivanco, que culminaron con la redacción del Tratado Vivanco-Pareja. El documento establecía el intercambio de embajadores, el saludo a los respectivos pabellones, la reprobación oficial a Salazar, la desocupación de las islas Chincha y el pago a España de 3 millones de pesos como indemnización por los gastos causados.
El 2 de febrero de 1865 el Tratado era ratificado por el Presidente del Perú. Mientras tanto, el coronel Francisco Bolognesi Cervantes fue enviado a Europa para que adquiriera buques y otros enseres de guerra. Debido a esta decisión se compraron los buques Unión, América, Huáscar e Independencia. Los dos primeros, llegaron a tiempo. En cambio, los dos últimos lo hicieron después del conflicto con España.
