Los primeros pobladores de Egipto alcanzaron las riberas del río Nilo, por entonces un conglomerado de marismas y foco de paludismo, en su huida de la desecación del desierto del Sáhara.El Nilo es un río más regular que el Tigris o el Éufrates. Su crecida es progresiva y no catastrófica. En este gran oasis se desarrolló una de las culturas más fascinantes de la historia. Cuando en el Sáhara el avance del desierto era patente, sólo en el Nilo continuaba habiendo caza, frutos silvestres y cañas para las viviendas. Pero, ante todo, la tierra del Nilo era fácilmente cultivable. Las orillas del Nilo comenzaron a poblarse y los habitantes se hicieron sedentarios.Las primeras comunidades hicieron habitable el país y se estructuraron en torno a aldeas llamadas nomos. Los habitantes del Delta llegaron a tener una organización feudal y llegaron a establecer dos reinos con dos jefes o príncipes respectivamente. El uno estaba establecido en un lugar pantanoso, se llamaba reino del Junco y tenía como símbolo un tallo de junco. Su capital era Buto; tenían a una cobra como tótem. El otro reino formado tenía como capital a Busiris y como tótem a un buitre pero su símbolo era una abeja y llegó a conocerse comoreino de la Abeja. Entre ambos reinos pasaba un brazo del Nilo.Pasado el tiempo el reino de la Abeja se hizo más fuerte y conquistó al reino del Junco de manera que el Delta quedó unificado. Pero algunos de los vencidos no se conformaron y prefirieron huir y establecerse en la zona del Alto Egipto donde fundaron ciudades dándoles el mismo nombre que aquellas que habían dejado en el Delta. Por eso casi todas las ciudades de esta época están repetidas en el Alto y Bajo Egipto. Estas gentes fueron prosperando considerablemente hasta llegar a organizarse en un Estado. Cuando se sintieron poderosos regresaron al Delta o Bajo Egipto y fueron ellos esta vez quienes lo conquistaron. Su jefe era Menes que llegó a ser el primer faraón de la historia de Egipto (hacia el año 3100 adC). Menes y sus sucesores tomaron los dos símbolos antiguos del Junco y la Abeja que representaban a su vez el Alto y Bajo Egipto.En Egipto el Neolítico está representado por las culturas de El Fayum, hacia el 5000 a.C., la cultura de Tasiense, hacia el 4500 a.C. y la cultura de Merimda, hacia el 4000 a.C. Todas ellas conocen la piedra pulimentada, la cerámica, la agricultura y la ganadería.Se supone, con bastante buen criterio, que en la época el Sáhara tenía un clima mediterráneo, más húmedo que el actual. En los macizos del Ahagar y el Tibesti, habría bosques en plena actividad. El proceso de desertización pasaría inadvertido para aquellos pobladores. Para ellos el Sáhara sería una extensa estepa con grandes herbívoros que cazar. Las culturas saharianas son, en gran medida, desconocidas, pero no por ello inexistentes.Tras estas culturas aparecieron la cultura baderiense y la cultura amratiense, hacia el 3800 adC.Hacia el año 3600 adC. aparece la cultura gerzeense, que se difunde por todo Egipto unificándolo. Esta consonancia cultural llevará a la unidad política, que surgirá tras un periodo de luchas entre clanes para imponerse.
