Los aqueménidas permitían cierta autonomía regional en la forma del sistema de satrapías. Una satrapía era una unidad administrativa, usualmente organizada sobre una base geográfica. El término "satrapía" proviene de las fuentes griegas ("satrapeia"). La voz griega procede del antiguo persa xsaça-pā-van, que designa a la persona que gobierna este territorio (el sátrapa), y que significa algo así como "protector del Imperio".No hay acuerdo en cuanto a si el término dahyu (plural dahyāva), que aparece en las inscripciones reales, puede ser interpretado en el sentido de "satrapía", como sostienen algunos autores,o si carece de cualquier implicación administrativa.La organización de las satrapías, cuya extensión era muy variable, reutilizaba en parte las estructuras previas a la conquista, permitiendo subsistir hasta cierto punto a las antiguas instituciones de poder locales.Los sátrapas eran usualmente elegidos tanto por sus servicios prestados al rey como por la pertenencia a un linaje aristocrático; de hecho, muchos de ellos formaban parte de la dinastía real. No eran funcionarios civiles en el sentido moderno, sino que mantenían relaciones de subordinación personal con el rey. En las capitales satrapales se formaban pequeñas cortes a semejanza de la imperial, y el sátrapa vivía usualmente junto a su familia. Existía cierta tendencia a que el mando de la satrapía pasara de padres a hijos (un caso paradigmático es el de la dinastía farnácida). No obstante, solo el rey poseía la prerrogativa de nombrar sátrapas, al menos idealmente. A pesar de la autonomía local relativa que permitía el sistema de satrapías, inspectores reales, los llamados "ojos y oídos del rey" recorrían el Imperio e informaban sobre las condiciones locales y controlaban el comportamiento de los sátrapas. En cuanto a los ejércitos provinciales, no queda claro si sus comandantes dependían directamente de la autoridad central, o si respondían al sátrapa local.
