La diversidad vegetal es enorme y se pueden encontrar desde bosques tropicales y selvas hasta páramos y desiertos. En la costa norte y sur son abundantes los espacios tropicales donde hay una gran variedad de plantas, entre las que destacan los manglares. La vegetación característica de las faldas de la cordillera de los Andes es el bosque húmedo; los flancos de ambas cordilleras están densamente poblados de bosques hasta los 3.000 metros, en los que destaca la presencia de quina roja y condurango. Por encima de esta altitud se sitúa el páramo, donde predominan los extensos pajonales (cañas) y la grama (gramíneas). En la región Amazónica, la vegetación es densa y se han identificado unas 8.000 especies vegetales diferentes, principalmente de orquídeas. En Galápagos, la vegetación arbórea es escasa y abundan los musgos.
