Desde 1853, cuando Urquiza, federal, asumió la presidencia, la presidencia, los representantes de Buenos Aires decidieron no aceptar la autoridad de ese presidente. Esto era porque los federales defendían los poderes provinciales y le quitaban a Buenos Aires el lugar privilegiado que ellos pretendían tener. A partir de ese año comenzaron los problemas entre las provincias (la Confederación, dirigidos por Urquiza) y Buenos Aires (los porteños, al mando de Mitre). Los porteños se separaron de la Confederación formando un Estado aparte, lo que perjudicaba a las provincias, ya que Buenos Aires era la provincia más rica y la que más ganancias daba, y las provincias solas no podían hacer frente a la situación económica. Esto llevó a que en 1859 se enfrenten las tropas de ambos bandos en la Batalla de Cepeda. El vencedor fue Urquiza. Luego de esta guerra, ambos contrincantes firmaron el Pacto de San Jose de Flores. Se establecía que Buenos Aires integraría a la Confederación, pero las provincias aceptaban revisar la Constitución de 1853 y cambiar algunos puntos que perjudicaban a los porteños.
Digamos que fue un acuerdo que no cambió mucho las cosas y no benefició a nadie, ya que en 1862 se volvieron a enfrentar las tropas, porque el problema entre ambos no estaba solucionado. En esta ocasión, en la Batalla de Pavón, finalmente ganaron los porteños.
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