Las Consecuencias de la guerra fueron:
La muerte de aproximadamente de entre 4.000 o 6.000 civiles, y más de 15.000 heridos dependiendo de la fuente .
La finalización del esfuerzo de integración regional conocido como Mercado Común Centroamericano (MERCOMUN), diseñado por EE. UU. como una contraparte económica regional para contrarrestar los efectos de la Revolución Socialista en Cuba.
El refuerzo del papel político de los militares en ambos países. En El Salvador, en las elecciones legislativas que siguieron, la mayoría de candidatos del Partido de Conciliación Nacional (PCN) de El Salvador, en esa fecha en el gobierno, salidos del Ejército, hicieron una enorme apología de su papel en el conflicto y por consiguiente resultaron victoriosos en las elecciones de diputados y alcaldes de la época.
El agravamiento de la situación social en El Salvador, producto de las deportaciones desde Honduras, ya que el gobierno tuvo que facilitar a estas personas la reinserción económica, que no se logró satisfacer adecuadamente. Aumentó la presión social que derivó en la guerra civil que viviría el país centroamericano.
