Los frágiles ecosistemas naturales de las islas están expuestos a la presión creciente de las actividades humanas, que no han logrado armonizarse con la preservación de los recursos naturales. Por este motivo, en el archipiélago se han desarrollado algunos programas enfocados a la conservación de los ecosistemas naturales.El parque nacional Galápagos con el fin de proteger el ecosistema del archipiélago ha establecido una zonificación de las islas como zonas externas al parque nacional de Galápagos y la zona rural que está en la parte alta de las islas más grandes y que es el sector húmedo donde se pueden desarrollar las actividades agropecuarias .La mayor superficie destinada esta actividad se encuentra en las islas santa cruz, luego en san Cristóbal, Isabela y, por último, floreana, que tiene la menor superficie.
