Cuenta la historia que un día el fray Martín decidió sembrar plantas de olivo en Limatambo (se dice que cerca de 700), con el propósito de abastecer de aceite a un bajo costo a la ciudad. Se dice que en cuestión de horas, las plantaciones tuvieron un desarrollo milagroso. Así es contada esta historia:
“Plantó Fray Martín en Limatambo más de seis mil pies de olivo, los cuales al día siguiente de plantados, tenían retoños y hojas, sin que ninguno se malograse, los que han dado copiosísimos frutos para socorro de la comunidad”. Como es sabido, cada esqueje de olivo demora meses en retoñar, y un año en hojear, por lo cual “es claro que fue milagroso el desarrollo en pocas horas de todos los pies plantados por fray Martín”. Es más, todos los pies sin excepción prosperaron, y ninguno se malogró. “Llenó de admiración este suceso a cuantos fueron testigos de él, se probó la verdad con declaraciones auténticas, y para perpetuar su memoria, se le llamó desde entonces, el Olivar de fray Martín”.
Lo curioso es que parte de este olivar, perdura hasta nuestros días, y es nada menos que el llamado Olivar de San Isidro. Es más, uno de los olivos que plantó se llamó “Olivo de la felicidad”, olivo que aún perdura en este distrito limeño.
Otro milagro registrado y verificado por muchos testigos ocurrió en 1634, cuando el río Rímac (principal río que cruza la ciudad de Lima) se desbordó de tal manera que destruyó el muro que se había construido para controlar su cauce. El río, inmediatamente, afectó la llamada Iglesia de las Cabezas, que se encontraba en las riberas del río. Al ver esto, desde su convento, el fray Martín, acudió rápidamente a esta iglesia y entró en ella con tres piedras en la mano. Luego de asegurar a los religiosos de la iglesia que las aguas del río no harían más daño a las pinturas ni a la infraestructura de la iglesia, arrojó las piedras una por una al río, la primera hacia arriba, otra hacia abajo y otra en el medio. Invocó a la Santísima Trinidad (Padre, Hijo, y Espíritu Santo) y el río inexplicablemente se retiró de la iglesia, bajó, y se contuvo en su cauce normal. Todos los religiosos que se encontraban en ese momento, fueron testigos del hecho.
Otro milagro fue el que realizó a su amigo fray Tomás. Este había muerto por una grave enfermedad. Luego de fallecer, la comunidad le rezó en su dormitorio los salmos acostumbrados en estas ocasiones. En eso llegó el fray Martín con la intención de amortajarlo, sin embargo, se detuvo con el hábito en las manos, se arrodilló y comenzó a orar delante de un crucifijo que estaba en la cabecera del fallecido, luego que concluyó la oración, llamó al difunto tres veces por su nombre, y luego, el hombre comenzó a dar señales de vida. Todo esto fue presenciado por el padre fray Fernando Aragonés, quien dio fe de este hecho. Asimismo, se dejó constancia de haber curado de un mal mortal al Arzobispo de México, Feliciano de la Vega, con solamente ponerle la mano en la parte afectada.
