El municipio se encuentra enclavado en la porción central de la
altiplanicie jalisciense, que presenta una topografía regular. La mayor
parte de su territorio es plano, con algunos lomeríos y pocas tierras
altas cerriles. El punto más alto del municipio es el Cerro del Cuatro
que junto con el Cerro de Santa María se localiza al suroeste de la
cabecera, con una altura de 1860 y 1730 metros respectivamente. Al sur
se localiza el Cerro de la Cola (Cerro del Hotel Tapatio) con una altura
de 1640 metros.
El municipio de Tlaquepaque se localiza políticamente en la subregión
Centro Conurbada. El norte de Tlaquepaque colinda con otros tres
municipios de Jalisco, Guadalajara, Tonalá y Zapopan. Al sur están El Salto y Tlajomulco. Al este Tonalá y al oeste Zapopan y Tlajomulco.
Litológicamente, el municipio se formó en el período Cuaternario y está compuesto por tobas pumíticas (conocidas comúnmente como piedra pómez)
que están formadas por productos de explosión tales como lapillis,
puzolanas y cenizas. Los suelos predominantes pertenecen al tipo feozem
háplico y planosol eútrico. Como suelo asociado se encuentra el planosol
pélico.
