Esta teoría fue de gran aceptación durante muchos años, pero a medida que se perfeccionaron las técnicas del análisis geológico y se acumuló información al respecto, se ha dado paso a teorías de formación orgánica que determinan que el petróleo es producto de la descomposición de organismos vegetales y animales que existieron en ciertos periodos del tiempo geológico y que fueron sometidos a enormes presiones y elevadas temperaturas.
Algunos científicos establecen que si bien los organismos animales y vegetales del fondo marino han contribuido a la formación del petróleo, ha sido el plancton el material petrolífero por excelencia. Al morir, los microorganismos plactónicos caen al fondo y son enterrados en los sedimentos, empezando su transformación, descomponiéndose en bióxido de carbono y agua. Como resultado de esta transformación, verificada por bacterias anaerobias, se ha originado un fango negruzco llamado sapropel, considerado como la sustancia madre del petróleo.
