Desde sus inicios, el gobierno tuvo que enfrentar unos 10 movimientos armados, pero todos fueron reducidos debido a la superioridad del ejército liberal restaurados.El primer movimiento que enfrentó Castro fue el de José Manuel Hernández. "El Mocho" (1853-1921), Ministro de Fomento, quien renunció al cargo en octubre de 1899 para hacerle la guerra a los gobiernos en el interior. Le siguieron los movimientos armados de Nicolás Rolando, en Guayana; y de Celestino Peráza, de los llanos. En 1901 se levantaron en armas Pedro Julián Acosta, en oriente; Juan Pietri, en Carabobo; Carlos Rangel Garbiras, quien invadió por la frontera del Táchira; y Luciano Mendoza, presidente del estado Aragua en la Villa cerca de la Victoria.Todos estos movimientos fracasaron por la coherencia y supremacía de combate del ejército del gobierno, que poseía un arsenal moderno y estrategias militares más eficaces que las tradicionales montoneras.
