Desde mediados de 1911, en Quito y en todo el país, se fue afianzando y extendiendo, un clima anti-alfarista que culminó el 11 de agosto con un golpe de estado militar, que obligó a Eloy Alfaro a dimitir de la presidencia, a refugiarse en la Legación de Chile y posteriormente exiliarse a Panamá. Según estima Cristóbal Gangotena, un testigo presencial de los hechos que dejó una crónica, la vida de Alfaro ya corrió peligro durante su derrocamiento, siendo salvado por los cónsules de Brasil y Chile. Este último, de apellido Eastman, fue el responsable de un acuerdo que permitió que Alfaro salga ileso, pero comprometiéndose a salir del país por lo menos un año. Desde entonces, el Viejo luchador, perdería todo el apoyo en el Congreso, en donde la "mayoría constitucionalista" lanzaba furibundos ataque contra él, llegándose a plantear incluso la colocación de una placa difamatoria contra el Alfarismo en el Palacio de Carondelet y a pedir su extradición, para juzgarlo, mientras los hombres del antiguo régimen eran apresados y sufrían las consecuencias de la ira de un populacho que enfurecido linchó al Coronel Quiroga. En este clima, Víctor Emilio Estrada, asumió el poder, pero sus problemas del corazón lo llevaron a la tumba después de tres meses. El Congreso en donde los placistas y conservadores dominaban, eligieron al presidente del Congreso Carlos Freile Zaldumbide para que se encarge del Gobierno, lo que fue rechazado por los alfaristas de Esmeraldas que eligieron a Flavio Alfaro como Jefe Supremo, a la vez que el general Pedro Montero, fiel seguidor de Alfaro y Jefe Militar de Guayaquil, se proclamó por su parte, como Jefe Supremo del Guayas. El general Leonidas Plaza Gutiérrez en nombre del Gobierno, como jefe del Ejército, se dirigió a Guayaquil, para combatir el levantamiento de Montero, que había recibido el apoyo de Flavio Alfaro y del propio Eloy Alfaro, quien regresó de Panamá, ante el pedido de Montero para actuar como mediador y pacificador. Alfaro regresó, para servir de mediador entre los suyos y el Gobierno y evitar mayores problemas para el radicalismo y aun la mismísima desaparición del partido.
Las fuerzas liberales fueron derrotadas en sucesivas batallas en Huigra, Naranjito y Yaguachi, donde mueren cerca de 1.000 hombres, en una corta guerra civil. Montero se vio obligado a llegar a un acuerdo de capitulación en el que se pedían garantías para Alfaro y sus compañeros. Ante la eminente derrota del liberalismo, el Viejo luchador firma la rendición, que fue mediada por los cónsules de Estados Unidos y Gran Bretaña en Guayaquil. Contemplaba la rendición de las fuerzas liberales, amnistía a Montero y los partícipes del 28 de diciembre, y el exilio voluntario de don Eloy, en un vapor asignado por el Gobierno. No habría represalias.
Pero la Capitulación no fue respetada, se argumento que Alfaro tampoco había respetado su compromiso anterior de 1911, y el General Leonidas Plaza, Jefe de las fuerzas gobiernistas, ordena la detención de Eloy y Flavio Alfaro, Pedro Montero y Ulpiano Páez; además, se aprehendió a personas que nada tuviero que ver con los hechos anteriores, sino por el simple hecho de ser liberales, como Medardo Alfaro, el periodista Luciano Coral,director del periódico liberal El Tiempo y Manuel Serrano.
El General Montero fue juzgado por traición en Guayaquil, bajo el pretexto de estar sujeto a la jurisdicción militar, en donde al final de la sentencia que lo condena a 16 años de prisión, un soldado le disparó en la frente y lo arrojó a la calle desde una ventana. Como en un anticipo macabro de lo que vendrá, el pueblo arrastró el cadáver por las calles de Guayaquil y lo quemó en forma bestial en una plaza.
