El fuerte incremento de la población colonial durante el siglo XVII creó nuevas necesidades y problemas que los monarcas Habsburgos no pudieron resolver. La lentitud y la corrupción administrativa caracterizaban la administración colonial. Las potencias rivales, Inglaterra y Portugal, se expandían impunemente e inundaban Sudamérica con mercancías de contrabando. A todo esto hay que añadir el excesivo poder que habían adquirido la aristocracia criolla y el clero, quienes se atrevían a desafiar las disposiciones reales que llegaban al Virreinato del Perú. Los reyes Borbones, principalmente Felipe V y Carlos III, emprendieron la colosal tarea de renovar la vieja estructura colonial que habían dejado los Habsburgos.
Apoyados por ministros y asesores ilustrados, llevaron adelante las reconocidas Reformas Borbónicas, denominando así al conjunto de grandes cambios económicos, políticos y administrativos para la metrópoli y sus colonias, que impulsaron los reyes Borbones de España durante el siglo XVIII. Estas reformas fueron iniciadas por Felipe V (1700-1746), continuadas por Fernando VI (1746-1759) y desarrolladas principalmente por Carlos III (1759-1788). Los objetivos fueron, básicamente, recuperar la hegemonía comercial y militar de España, y explotar y defender mejor los ingentes recursos coloniales. Los Borbones implementaron nuevas unidades administrativas en América: crearon virreinatos, capitanías (como Venezuela y Chile) y comandancias. En 1784 se suprimieron los corregimientos y se implantó el sistema de intendencias, buscando mayor eficiencia en los gobiernos locales. De esta manera se consiguió mejorar la explotación de las riquezas coloniales y la recaudación tributaria. Los Borbones hicieron grandes esfuerzos por contrarrestar la hegemonía comercial y marítima de potencias rivales como Inglaterra y Holanda, prósperos países impulsados por la Primera Revolución Industrial. El proyecto Borbón contempló la renovación del sistema mercantil para que sus colonias sean proveedoras eficientes de materias primas y consumidoras de las manufacturas españolas.
La Corona apoyó a la burguesía peninsular favoreciendo la industria y protegiendo sus mercados. En este contexto se fue liberalizando el comercio entre los puertos españoles y americanos, lo que se consagró cuando Carlos III dio el decreto de Libre Comercio en 1778. Esta política debía complementarse combatiendo el contrabando y mejorando la recaudación fiscal a favor de la metrópoli española. Esto provocó fuertes tensiones y guerras principalmente contra los poderosos ingleses y lusitanos.
Los conflictos contra los contrabandistas y corsarios británicos, holandeses y portugueses hizo necesario un mayor presupuesto para la armada, el ejército y las milicias. También se construyeron poderosas fortalezas y murallas para defender los principales puertos y ciudades de las colonias. El más importante ejemplo fue la construcción de los castillos del “Real Felipe”, en el Callao. El reformismo borbónico privilegió a los españoles europeos, “los chapetones”, en el acceso a los principales puestos de confianza en el aparato burocrático. Esto fue un duro golpe para la aristocracia criolla, pero el despotismo de los Borbones reprimió duramente todo intento de resistencia. Una de las instituciones afectadas por este despotismo ilustrado español fue la Iglesia Católica: la Corona pretendió afirmar el poder secular sobre el religioso, esto incluía la restricción de los privilegios y exoneraciones fiscales que gozaban las Órdenes Católicas. Fueron los Jesuitas los que más se opusieron al proyecto centralizador de los Borbones, es por ello que fueron expulsados de España y sus colonias en 1767
