Los europeos no pudieron desarraigar la cultura aborigen, pese a que destruyeron templos, dioses, diosas y otras expresiones culturales. Debido a este fracaso, se planteó otra estrategia: la cristianización por ello intentaron buscar una justificación filosófica y moral para la conquista. La encontraron en Aristóteles que decía: "Algunos seres desde el momento en que nacen, están destinados, unos a obedecer y otros a mandar". Según esta visión, no todos los hombres son iguales, sino distintos por naturaleza. Aristóteles afirmaba: "La naturaleza... hace distintos los cuerpos de los hombres libres y de los esclavos, dando a éstos el vigor necesario para las obras penosas y haciendo a los primeros incapaces para los trabajos duros". O sea, que los indios sabían hacer, estaban capacitados, pero no sabían cómo; quien se lo debía decir era el europeo.Ante todo esto, la iglesia católica creía que los errores paganos debían ser desarraigados y la verdad cristiana impuesta a toda costa. Hubo numerosos teólogos, como Juan Guinés de Sepúlveda, que estuvieron de acuerdo con la conversión forzada de los indios, mientras que otros como Bartolomé de Las Casas, sólo aceptaban la persuasión como único medio para la evangelización. Pero nadie reconoció en aquella época el derecho de los indígenas a mantener su propia religión.
