Los compuestos del rutenio se encuentran muy raramente. Todos los compuestos del rutenio deben ser considerados como altamente tóxicos y como carcinógenos. Los compuestos del rutenio manchan mucho la piel. Parece que el rutenio ingerido es retenido fuertemente en los huesos. El óxido de rutenio, RuO4, es altamente tóxico y volátil, y debe ser evitado.
El rutenio 106 es uno de los radionucleidos implicados en las pruebas atmosféricas de armas nucleares, que empezó en 1945, con una prueba estadounidense, y terminó en 1980 con una prueba china. Está entre los radionucleidos de larga vida que han producido y continuarán produciendo aumentos de riesgo de cáncer durante las décadas y siglos venideros.
